FreeBSDにおいて、 トップレベルのMakefile で CXX=g++8 と指定しても、manyglucose のコンパイルでは c++ が使われていたため、ldの際にエラーになってました。 とりあえず、subdirectoryの make に明示的に CXX=$(CXX) をいれてコンパイルできるようになりました。

mtl/template.mk で何か新しい記述を導入されました？